การค้นพบแบคทีเรีย
แบคทีเรียถูกค้นพบครั้งแรกโดย Antonman van Leeuwemhoek (1632-1723) ชาวดัตช์ผู้แรกที่เคลือบฟันด้วยตาเปล่าของผู้สูงอายุที่ไม่เคยแปรงฟัน แต่ในเวลานั้นผู้คนคิดว่าแบคทีเรียนั้นเกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ จนกระทั่งในภายหลังปาสเตอร์ใช้การทดลองคอห่านเพื่อระบุว่าแบคทีเรียผลิตโดยแบคทีเรียในอากาศแทนที่จะสร้างตัวเองและคิดค้นวิธีการพาสเจอร์ไรซ์ซึ่งต่อมาถูกเรียกว่า "บิดาแห่งเชื้อจุลินทรีย์"
คำว่าแบคทีเรียถูกเสนอโดยนักวิทยาศาสตร์ชาวเยอรมันชื่อ Christian Gottfried Ehrenberg (1795-1876) ในปี 1828 เพื่ออ้างถึงแบคทีเรียชนิดหนึ่ง คำนี้มาจากภาษากรีกβακτηριονซึ่งแปลว่า "แท่งเล็ก ๆ "
ในปี 1866 นักสัตววิทยาชาวเยอรมันเอิร์นส์เฮกเกล (1834-1919) แนะนำให้ใช้ "สิ่งมีชีวิตพื้นเมือง" รวมถึงสิ่งมีชีวิตเซลล์เดียวทั้งหมด (แบคทีเรียสาหร่ายเชื้อราและโปรโตซัว)
ในปี 1878 ศัลยแพทย์ชาวฝรั่งเศส Charles Emmanuel Sedillot (1804-1883) เสนอ "จุลินทรีย์" เพื่ออธิบายเซลล์แบคทีเรียหรือใช้กันทั่วไปเพื่ออ้างถึงสิ่งมีชีวิตเล็ก ๆ
เนื่องจากแบคทีเรียเป็นจุลินทรีย์เซลล์เดียวที่มองไม่เห็นด้วยตาเปล่าจึงต้องมีกล้องจุลทรรศน์ ในปี ค.ศ. 1683 แอนนี่แวน Leeuwenhoek (1632-1723) พบแบคทีเรียครั้งแรกโดยใช้กล้องจุลทรรศน์เลนส์เดี่ยวที่ออกแบบโดยตัวเขาเองซึ่งมีกำลังขยายประมาณ 200 เท่า Louis Pasteur (1822-1895) และ Robert Koch (1843-1910) ชี้ให้เห็นว่าแบคทีเรียสามารถทำให้เกิดโรคได้