ผู้ที่ต่อต้านอาหารดัดแปลงพันธุกรรมเกี่ยวข้องกับกลุ่มความสนใจที่หลากหลายตั้งแต่กรีนพีซสมาคมเกษตรกรไปยังโบสถ์คริสเตียนและอื่น ๆ ฝ่ายค้านของพวกเขามีความเข้มข้นในสามด้าน:
ประการแรกการดัดแปลงพันธุกรรมนั้นขัดต่อธรรมชาติและเป็นอันตราย ผู้สนับสนุนโต้กลับว่าพืชในปัจจุบันไม่ใช่พันธุ์ดั้งเดิมอีกต่อไปมิฉะนั้นผักที่ผู้คนกินควรเหมือนกับหญ้าที่พืชกิน
ประการที่สองหลังจากยีนที่มีความต้านทานสารกําจัดวัชพืชหรือฟังก์ชั่นการฆ่าศัตรูพืชที่เป็นพิษถูกนําเข้าสู่พืชอาหารที่พวกเขาให้ปลอดภัยสําหรับมนุษย์หรือไม่? ในการตอบสนองต่อจุดนี้ผู้สนับสนุนเน้นว่าจนถึงขณะนี้ยังไม่มีสถาบันวิจัยที่มีคุณสมบัติเหมาะสมพบหลักฐานว่าอาหารดัดแปลงพันธุกรรมเป็นอันตรายต่อสุขภาพของมนุษย์ แต่ผลกระทบระยะยาวของพวกเขาสามารถอนุมานได้เท่านั้นและเป็นการยากที่จะได้รับหลักฐานที่ครอบคลุมเพื่อโน้มน้าวผู้คน
ประการที่สามเป็นไปได้หรือไม่ที่การส่งเสริมพืชดัดแปลงพันธุกรรมก็ส่งผลกระทบต่อการเกษตรและสภาพแวดล้อมทางนิเวศวิทยาอย่างเร่งรีบหรือไม่? การส่งเสริมพืชดัดแปลงพันธุกรรมที่ทนต่อสารกําจัดวัชพืชอาจกระตุ้นให้เกษตรกรใช้สารกําจัดวัชพืชมากเกินไปทําให้พืชที่ไม่ใช่พืชหลักบางอย่างได้รับอันตรายหรือสูญพันธุ์ เกษตรกรจํานวนมากในประเทศกําลังพัฒนาใช้พืชที่ไม่ใช่พืชหลักดังกล่าวเป็นอาหารเสริมหรือเป็นอาหาร องค์การประมงและสัตว์ป่าของสหรัฐอเมริกาได้ค้นพบว่าพืช 74 ชนิดได้รับผลกระทบจากสารกําจัดวัชพืชและใกล้สูญพันธุ์