เทคโนโลยี electrophoresis เจลสองมิติและเทคโนโลยีสเปกโตรเมตรอรี่มวลในปัจจุบันเป็นวิธีการที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการศึกษาโปรติโอมิกส์ เทคโนโลยี electrophoresis เจลสองมิติใช้จุดไอโซอิเล็กทริกโปรตีนและความแตกต่างของน้ําหนักโมเลกุลเพื่อแยกแยะโปรตีนต่างๆ แม้ว่าจะเป็นเรื่องยากที่จะแยกแยะโปรตีนที่มีความอุดมสมบูรณ์ต่ําโดย electrophoresis เจลสองมิติ แต่ก็มีความต้องการที่สูงขึ้นสําหรับการดําเนินงาน แต่ปริมาณงานสูงความละเอียดที่ดีและการทําซ้ําและลักษณะของการรวมกับสเปกโตรเมตรรีมวลทําให้เป็นวิธีการวิจัย Proteomics ที่ได้รับความนิยมและเชื่อถือได้มากที่สุด เทคโนโลยี electrophoresis เจลสองมิติและขั้นตอนการวิจัย proteomics ที่ใช้สเปกโตรเมตรศาสตร์มวลคือการเตรียมตัวอย่าง→ การโฟกัสของไอโซอิเล็กทริก→ โพลีอะคริลาไมด์เจล electrophoresis→การย้อมสีเจล →แยกออกจุดโปรตีนที่น่าสนใจ→ ย่อยในเจล→ การวิเคราะห์สเปกโตรเมตรีมวลเพื่อตรวจสอบเปปไทด์ลายนิ้วมือหรือลําดับกรดอะมิโนบางส่วน→ ใช้ฐานข้อมูลเพื่อตรวจสอบโปรตีน. การวิจัย Proteomics ต้องการการแยกโปรตีนความละเอียดสูงและเทคนิคการระบุสเปกโตรเมตรอรีมวลที่แม่นยําและละเอียดอ่อน สีของโปรตีนใน electrophoresis เจลไม่เพียง แต่มีผลต่อความละเอียดของการแยกโปรตีน แต่ยังมีผลต่อการระบุสเปกโตรเมตรี้มวลที่ตามมา การย้อมสีโปรตีนสามารถแบ่งออกเป็นสี่ประเภท: การย้อมสีน้ํายาอินทรีย์, การย้อมสีเงิน, การย้อมสีเรืองแสงและสีไอโซโทป
Unlu et al. เสนอวิธีการวิเคราะห์โปรเตโอมิกส์เชิงปริมาณแบบเรืองแสง (F-2D-DIGE) Electrophoresis เจลที่แตกต่าง (DIGE) เป็นการปรับปรุงทางเทคนิคของ 2-DE มันรวมวิธีการวิเคราะห์ฟลูออเรสเซนต์หลายตัว มันแยกตัวอย่างหลายป้ายด้วยฟลูออเรสเซนต์ที่แตกต่างกันบนเจลเดียวกันและแนะนําแนวคิดพื้นฐานภายใน โปรตีนในทั้งสองตัวอย่างผสมกับฉลากฟลูออเรสเซนต์ที่แตกต่างกันเพื่อทํา 2-DE เพื่อตรวจจับการแสดงออกของโปรตีนในตัวอย่างทั้งสองซึ่งช่วยเพิ่มความแม่นยําความน่าเชื่อถือและการทําซ้ําของผลลัพธ์ ในเทคโนโลยี DIGE แต่ละจุดโปรตีนมีมาตรฐานภายในของตัวเองและซอฟต์แวร์สามารถปรับเทียบการแสดงออกโดยอัตโนมัติตามมาตรฐานภายในของแต่ละจุดโปรตีนเพื่อให้แน่ใจว่าการเปลี่ยนแปลงความอุดมสมบูรณ์ของโปรตีนที่ตรวจพบเป็นจริง เทคโนโลยี DIGE ถูกนํามาใช้ในตัวอย่างต่างๆ