ยีนที่มีฟังก์ชั่นพิเศษ "ลอย" กับสายพันธุ์พืชป่าที่คล้ายกันทําให้พวกเขาทนต่อสารกําจัดวัชพืชและยากที่จะควบคุม; หรือก่อให้เกิดศัตรูพืชในการผลิตแอนติบอดีต่อยาฆ่าแมลง นอกจากนี้สิ่งมีชีวิตขนาดเล็กบางชนิดอาจสูญพันธุ์หลังจากกินพืชดัดแปลงพันธุกรรมที่มีฟังก์ชั่นยาฆ่าแมลง ผู้สนับสนุนชี้ให้เห็นว่าการผลิตทางการเกษตรเองเป็นกิจกรรมที่เป็นอันตรายต่อสิ่งแวดล้อมและพืชดัดแปลงพันธุกรรมจะไม่ทําให้เกิดความเสียหายต่อสิ่งแวดล้อมมากกว่าการเกษตรแบบดั้งเดิม พืชมีความสามารถในการต่อต้านแมลงและเกษตรกรสามารถลดการฉีดพ่นยาฆ่าแมลงซึ่งเป็นประโยชน์ต่อสิ่งแวดล้อมและการป้องกันทางชีวภาพ
ข้อพิพาทดังกล่าวไม่ใช่เรื่องง่ายที่จะสรุปในระยะเวลาอันสั้น การโต้เถียงเกี่ยวกับพืชดัดแปลงพันธุกรรมควรกล่าวเป็นปรากฏการณ์ปกติ ประการแรกพันธุ์ที่พัฒนาขึ้นใหม่นั้นไม่สมบูรณ์แบบและผลกระทบระยะกลางถึงระยะยาวต่อร่างกายมนุษย์และสิ่งแวดล้อมยังคงเห็น ผู้คนแสดงความกังวลด้วยเหตุผลที่ชอบด้วยกฎหมาย ประการที่สองจะมีคนอนุรักษ์นิยมบางคนที่ไม่คุ้นเคยกับผลิตภัณฑ์เทคโนโลยีใหม่และปฏิเสธที่จะยอมรับพวกเขา จากนั้นมีผลกระทบจากความขัดแย้งทางผลประโยชน์ทางการค้า รัฐบาลและกลุ่มผลประโยชน์ของบางประเทศใช้ความไม่เพียงพอของอาหารดัดแปลงพันธุกรรมเพื่อต่อสู้กับสงครามการค้าทําให้สิ่งต่าง ๆ มีความซับซ้อนมากขึ้น