แม้ว่า electrophoresis เจลสองมิติ (2-DE) เป็นวิธีที่ใช้กันทั่วไปในการวิเคราะห์ proteome ทั้งหมด แต่มีข้อ จํากัด เช่นความสามารถในการแยก จํากัด ผลการเลือกปฏิบัติและขั้นตอนการดําเนินงานที่ซับซ้อน มันมักจะยากที่จะได้รับผลลัพธ์ที่น่าพอใจสําหรับการวิเคราะห์ช่วงไดนามิกขนาดใหญ่ความอุดมสมบูรณ์ต่ําและโปรตีนที่ไม่ชอบน้ํา Chong et al. ใช้ HPLC/mass spectrometry เพื่อเปรียบเทียบและวิเคราะห์การแสดงออกที่แตกต่างของโปรตีนก่อนมะเร็งและมะเร็ง โปรตีนถูกแยกออกโดย HPLC และเศษส่วนที่เก็บรวบรวมถูกระบุโดย MALDI-TOF-MS เพื่อให้โปรตีนได้รับการวิเคราะห์เชิงปริมาณในการแสดงออกทางความแตกต่างของเซลล์ทั้งสองชนิด ในฐานะที่เป็นเทคโนโลยีการแยกชนิดใหม่โครมาโตกราฟีเหลวหลายมิติไม่มีข้อ จํากัด ของมวลโมเลกุลสัมพัทธ์และจุดไอโซอิเล็กทริก ผ่านการรวมกันของโหมดที่แตกต่างกันจะช่วยลดผลการเลือกปฏิบัติของ electrophoresis เจลสองมิติ มันมีลักษณะของความจุสูงสุดสูงและระบบอัตโนมัติที่ง่าย โครมาโตกราฟีเฟสเปลี่ยนไอออนสองมิติ (2D-IEC-RPLC) เป็นระบบแยกโครมาโตกราฟีเหลวหลายมิติที่ใช้กันมากที่สุดในการค้นคว้าโปรติโอมิกส์
